INFORMACIÓN EN CONSTRUCCIÓN SOBRE 14° TALLER DE DINÁMICA MOLECULAR
Se llevaran a cabo del 28 de julio al 01 de agosto de 2025
Formato de talleres: virtuales
Cada participante deberá trabajar con su propia computadora, preferentemente con sistema operativo Linux ó Mac OSX . Si tienes instalado sistema operativo Windows, deberás instalar: WSL (https://learn.microsoft.com/enus/windows/wsl/install).
Coordinadores: Dr. Edgar Omar Castrejón González (ITCelaya) y Dr. Edgar Núñez Rojas (SECIHTI - UAM-Iztapalapa)
Objetivo: Usar los programas GROMACS y LAMMPS de Dinámica Molecular en diversas aplicaciones. Revisar las limitaciones de los campos de fuerza OPLS/AA, CHARMM y TraPPE-UA. También, aplicar nuevas estrategias (desarrollados por los investigadores que imparten el curso) para mejorarlos.
Contenido general: El curso incluye aplicaciones a líquidos, al equilibrio líquido-vapor y líquido-líquido, así como a sus interfases. Se obtienen propiedades usadas en el proceso de parametrización tales como distribuciones de carga, densidad para líquidos, entalpía de vaporización, constante dieléctrica, tensión superficial, propiedades críticas, energía libre de solvatación y solubilidad, entre otras. Los sistemas incluyen fluidos polares y no-polares, líquidos iónicos, surfactantes y polímeros.
Requisitos: El curso está dirigido a usuarios de programas de dinámica molecular (GROMACS, DL_POLY, NAMD o LAMMPS) con conocimientos básicos de mecánica clásica, química cuántica y termodinámica estadística. Los interesados deberán disponer de tiempo completo para el curso.
Los participantes deberán disponer de una computadora personal con sistema operativo (o máquina virtual) con Linux. Los programas que deben tener instalados antes del inicio del curso son VMD, OVITO, GROMACS, LAMMPS, XMGRACE, FORTRAN y PYTHON.
Modalidad del curso: Será teórico-práctico con ejercicios computacionales desarrollados por los participantes.
Taller De Dinámica Molecular – Principiantes-2025. Información de horario, clic aquí. 
Coordinadores: Alexander Pérez de la Luz, Universidad Autónoma Metropolitana. (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.; This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.) y Gloria Arlette Méndez Maldonado, Universidad de Guadalajara (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)
Objetivo: Promover el desarrollo y la aplicación de programas paralelos de Dinámica Molecular atomística entre la comunidad científica mexicana. Durante el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas: LAMMPS, y GROMACS. También habrá prácticas con paquetes de visualización como VMD y cursos introductorios para un nivel principiante. Siendo un taller teórico - práctico.
Contenido General: El taller de principiantes estará dividido en 9 cursos del 28 de julio al 01 de agosto de 2025: Linux, Mecánica Estadística, Método de Monte Carlo, Dinámica Molecular, Scripts y Grace, VMD, GROMACS, LAMMPS y Python
Requisitos: Maquina con Linux y tener instalado los siguientes programas VMD, LAMMPS y GROMACS, además del graficador XMGRACE.
Modalidad del curso: Online
Taller de Dinámica Molecular, Aplicaciones en Bioquímica y Farmacia
Coordinador: Dr. Cesar Millán Pacheco. Correo: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Objetivo: En la actualidad, las herramientas informáticas permiten el estudio de moléculas con interés biológico. El objetivo del Taller en Dinámica Molecular, Aplicaciones en Bioquímica y Farmacia es brindar a los participantes las bases de las herramientas informáticas para el estudio de macromoléculas (proteínas, ácidos nucleicos y membranas), diseño de fármacos, la interacción entre ligandos y proteínas y la aplicación de la dinámica molecular en la nanotecnología.
Contenido General: Durante este taller se discutirán los usos del acoplamiento molecular, análisis estructura/función de compuestos químicos, dinámica molecular de macromoléculas y en nanotecnología.
Requisitos: Conocimiento básico de Linux, VMD, UCSF Chimera, GROMACS, NAMD, xTB, Jmol, PAKMOL.
Modalidad del curso: Virtual.
Taller de Dinámica Browniana
Coordinadores: Dr. Ramón Castañeda Priego, Universidad de Guanajuato. Email: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it., Dr. Salvador Herrera Velarde, Instituto Tecnológico Superior de Xalapa. Email: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Objetivo: Promover el desarrollo y la aplicación de Dinámica Browniana entre la comunidad científica mexicana. Durante el Taller se discutirá la metodología necesaria para desarrollar y adaptar el método de Dinámica Browniana en códigos “hechos en casa” y en la plataforma LAMMPS. También habrá prácticas con paquetes de visualización como VMD y cursos introductorios para un nivel principiante, siendo un taller teórico - práctico.
Contenido General: El taller de principiantes estará dividido en 9 cursos del 28 al 31 de julio de 2025: Linux; Mecánica Estadística y Ecuación de Smoluchowski; Simulación Molecular; Dinámica de Langevin en el límite sobreamortiguado; Dinámica Browniana: Ejemplos y adaptación de códigos “caseros”; VMD; LAMMPS
Requisitos: Maquina con sistemas operativo Linux y tener instalado: compilador de Fortran, VMD, LAMMPS y además el graficador XMGRACE.
Modalidad del curso: Remota.
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ENLACES PARA INSTALAR PROGRAMAS A UTILIZAR EN LOS TALLERES
