El Instituto de Física de la Universidad de Guanajuato (IFUG) nace el 1o. de marzo de 1986 por Acuerdo del entonces Rector Dr. Santiago Hernández. En ese Acuerdo se destaca que el IFUG se crea con el objeto de “desarrollar la investigación básica y aplicada en el campo de la Física y la formación de recursos humanos de alto nivel académico en la misma área”. En ese acuerdo hubo un convenio con la UNAM, donde la Universidad de Guanajuato se comprometió a la creación de un instituto para desarrollar actividades de investigación, proveer la infraestructura necesaria y establecer programas de posgrado con especialidades en Óptica, Altas Energías y Aceleradores. A cambio la UNAM se comprometió a trasladar a la Universidad de Guanajuato su programa de Física Experimental de Altas Energías y Aceleradores, para lo cual comisionó por dos años al Dr. Clicerio Avilez Valdez, quien se reconoce como fundador del IFUG.
El Dr. Clicero Avilez Valdez realizó la propuesta curricular del posgrado, misma que culminó con la creación del Doctorado y Maestría en Física, el 30 de mayo de 1986, y el 2 de junio iniciaron las actividades oficiales del IFUG en las instalaciones de lo que hoy es la Preparatoria Nocturna de León, que en ese entonces albergaba a la Escuela de Psicología. Tres fueron las plazas que abrió la Universidad para el Instituto de Física: un contador, un dibujante y una secretaria. Posteriromente en septiembre de 1986 se integraron dos doctores en Física, especializados en aceleradores, el Dr. Gustavo López y el Dr. Armando Antillón.
En el año de 1990 se construyó en el IFUG la primer cámara multialámbrica del país con tecnología local y se graduó el primer egresado de la Maestría en Física (Miguel Murguía). En los primeros meses de 1991 se graduaron otros dos maestros en Física (Manuel Romero y Modesto Sosa). Por otro lado, se planeaba la incorporación del IFUG a uno de los grandes experimentos del SSC y se gestaba la contratación de más profesores.
El 10 de mayo de 1991 fallece el Dr. Clicerio, pero el apoyo de la UNAM, CONACYT y la SEP continuaron apoyando al IFUG. Sin el apoyo de Matías Moreno y Angel Dacal no se habría logrado convencer al entonces director del IFUNAM, Octavio Novaro, para que defendiera los intereses de la UNAM en Guanajuato. La UNAM, a su vez, también intercedió para que tanto la SEP y CONACYT continuaran con su influencia en Guanajauto. A partir de ese momento se convocó para decidir el futuro del IFUG. El Dr. José Luis Lucio, entonces profesor del Cinvestav, manifestó su disposición e interés para dirigir al IFUG. El Dr. Octavio Obregón también fue considerado como posible director, y así fue como ambos llegaron a ser directores del IFUG.
span style="font-family: Trebuchet MS,sans-serif;">El Dr. Obregón interesado en lo que debía ser un instituto de física y las líneas de investigación que había en ese momento, invitó al Dr. José Luis Lucio a la reestructuración de este, así como favoreció la contratación de muchos físicos siendo uno de sus grandes aciertos el respeto al personal académico que había antes de su llegada y su apoyo incondicional para que obtuvieran lo que hoy se conoce como el perfil deseable promep.
Con la llegada del Dr. Obregón se abrieron las líneas de investigación de Gravitación y Mecánica Estadística, y se fortaleció considerablemente la de Altas Energías. Posteriormente se abrieron líneas de investigación en Física Aplicada, Astronomía, Física Médica y Mecánica Cuántica. En 1998 se crearon las carreras de Licenciatura en Física e Ingeniería en Física.